Seni bina Honden ditakrifkan oleh gaya Nagare-zukuri (mengalir) yang ikonik, menampilkan bumbung melengkung asimetri yang memanjang ke hadapan untuk melindungi beranda suci. Bumbung kulit kayu cypress yang lapuk dan pertukangan kayu saling mengunci menunjukkan ketukangan Jepun kuno yang direka untuk melindungi triad kuil dalaman tanpa menggunakan sebatang paku pun.