Prasat Baan Panna dibina pada abad Buddha ke-18 mengikut aspirasi diraja Raja Jayavarman VII untuk berfungsi sebagai "Arokayasala", atau hospital komuniti, di sepanjang laluan purba. Ini didorong oleh kepercayaan Buddha Mahayana yang memfokuskan pada meringankan penderitaan dan penyakit bagi orang-orang di pelbagai bandar kerajaan Khmer purba.