Istana Dalam merupakan kawasan terlarang pada zaman purba, berfungsi sebagai kediaman peribadi Raja Narai Agung dan wanita istana. Struktur yang paling penting di zon ini ialah "Dewan Takhta Suttha Sawan", yang merupakan kediaman peribadi Raja dan tempat kemangkatannya. Kawasan sekitarnya pernah dihiasi dengan indah dengan taman bunga, tumbuhan hiasan dan air pancut, dipengaruhi oleh gaya seni bina Perancis yang dikaguminya. Ciri utama zon ini ialah ketenangan dan susun atur yang memfokuskan pada privasi, dengan dinding dan pintu masuk yang dipisahkan dengan ketat dari Istana Tengah. Hari ini, sisa-sisa asas bangunan dan dinding masih wujud, mempamerkan kemegahan dan gaya hidup istana diraja Lopburi dari lebih 300 tahun yang lalu.